El codi PDB:8CHD correspon a l’estructura de la proteïna glicosiltransferasa,codi UNIPROT:A0A1S4A9U5, amb una gran conservació de seqüència pel que es pot veure a l’alineament que el propi PDB ens dona.
>8CHD
MEATQRDGGAQSPTPHVVMLPSPGMGHLIPLLEFAKRLLFLHRFTVTFAIPSGDPPSKAQISILSSLPSGIDYVFLPPVNFHDLPKDTKAGVFIVLAVARSLPSFRDLFKSMVANTNLVALVVDQFGTDAFDVAREFNVSPYIFFPCAAMTLSFLLRLPEFDETVAGEYRELPEPIRLSGCAPIPGKDLAGPFHDRENDAYKLFLHNAKRYALADGIFLNSFPELEPGAIKALLEEESRKPLVHPVGPLVQIDSSGSEEGAECLKWLEEQPHGSVLFVSFGSGGALSSDQINELALGLEMSGHRFIWVVRSPSDEAANASFFSVHSQNDPLSFLPEGFLEGTRGRSVVVPSWAPQAQILSHSSTGGFLSHCGWNSTLESVVYGVPLIAWPLYAEQKMNAILLTEDIKAALRPKINEESGLIEKEEIAEVVKELFEGEDGKRVRAKMEELKDAAVRVLGEDGSSSTLSEVVQKWKRKISG
Pots visualitzar la proteïna en aquesta finestra proveïda per Pdb*:
L’estructura presenta tant hèlix alfa com fulles beta La següent figura mostra la seqüència de la proteïna i les regions amb hèlix alfa (blau fluix) i fulles beta (blau fosc)
| Imatge de la proteïna mostrant els elements d’estructura secundària. |
| Seqüència de la proteïna mostra tota l’estructura amb les diferents estructures secundàries |
Malauradament el fitxer PBD no conté massa informació sobre l’estructura secundària i no en podem treure massa profit, en aquest cas.
La glicosiltransferasa amb codi PDB: 8CHD presenta un plegament característic de la superfamília de les nucleotidil-difosfat-sugar transferases. Aquest tipus de plegament es caracteritza per un nucli central format per una làmina β de set filaments, flanquejada per hèlixs α en ambdós costats, formant una estructura \(\alpha/\beta\). Aquestes característiques són comunes en enzims que catalitzen la transferència de grups glicosil de nucleòtids-sugar activats a acceptors específics, com sucres, lípids o proteïnes.
Pel que fa a l’estructura quaternària, la majoria de les glicosiltransferases funcionen com a monòmers. No obstant això, algunes poden formar dímeres o altres oligòmers per a la seva activitat biològica. En el cas específic de la proteïna 8CHD, les dades cristal·logràfiques suggereixen que aquesta proteïna actua com a monòmer.
Podem començar per cercar a PFAM el codi uniprot de la proteïna. Veiem que es tracta d’una proteïna amb un sol domini ben caracteritzat:
| Taula resum dels dominis PFAM per al PDB:8CHD, UNIPROT: A0A1S4A9U5 |
Podem aleshores explorar l’entrada per a aquest domini específic: PFAM: PF00201, i observem que es tracta d’una UGT. El domini està altament distribuït, trobat en més de 1065 arquitectures de domini
| Taula resum dels dominis PFAM per al PDB:8CHD, UNIPROT: A0A1S4A9U5 |
Un cop explorem aquest domini, ens adonem que es tracta d’una UDP-glycosyl transferase.
Aquesta familia d’enzims catalitza la transferència d’una molècula de glucosa (o altre sucres) des de uridine diphosphate-sugars (UDP-sucres) fins a molècules acceptores, generalment un compost hidroxilat, com un fenol, alcohol, amina o àcid carboxílic.
Aquest procés es coneix com a glucosilació o glicosiltransferència. Influència processos metabòlics clau, com la modificació de proteïnes i la biosíntesi de metabòlits secundaris.
| Imatge d’un exemple de reacció catalitzada per l’enzim PDB:8CHD, UNIPROT: A0A1S4A9U5 |
| Centre actiu de la proteïna PDB:8CHD. En aquest cas no es veu definit un ió que destaqui sobre la resta com a centre actiu, però els residus que fan que l’enzim pugui fer la seva funció son els non-standresidues que es troben a diferents punts de l’estructura de l’enzim |